职能处室 业务处室 其它 办公室（党委办公室） 发展战略研究处 网络信息部 人事劳动教育处 政策研究处 工程咨询 计划发展处 法制研究处 服务中心 财务处 经济研究处 源信公司 信息研究所 技术咨询 编辑部

办公室（党委办公室） 主要负责行政、文秘、保密、党务、纪检、监察、审计、精神文明建设和外事管理等工作。 　 人事劳动教育处 主要负责人事、劳资、职工教育和离退休干部管理等工作。 　 计划发展处 主要负责计划与项目的组织、管理、协调等工作。 　 财务处 主要负责财务管理和国有资产管理工作。 　 发展战略研究处 承担和组织开展水利与国民经济和社会发展关系的研究，水利中长期发展战略研究，流域和区域水利发展研究，水利可持续发展研究等工作。 　 政策研究处 承担和组织开展水利改革发展中的综合性政策规划和实施计划，收集汇编水利政策文件，对水利系统政策研究工作进行业务指导和咨询等工作。 　 法制研究处 承担和组织开展水利法规研究并参与起草工作，参与制订水利法规规划和实施计划，收集汇编水利法律法规文件，对水利系统法规工作进行业务指导和咨询等工作。 　 经济研究处 开展对水资源开发、利用、治理、配置、节约和保护的重大经济问题与经济关系问题的研究，对水利系统的经济研究工作进行业务指导和咨询工作。 　 信息研究所 开展水利政策、经济的信息研究，国际水利发展比较研究；水利文献检索、查新、信息资源的开发和咨询服务；承办水利科技期刊管理工作等工作。 　 编辑部 承担水利部交办的和中心交办的刊物组稿、编辑及发行工作工作。 　 网络信息部 负责发展研究中心网站的规划、设计、建设以及与此相关的信息采编和组织等项工作。 　 工程咨询筹备组 负责对外联系、收集和整理水利行业项目信息，筛选项目，提出工程监理项目实施计划及工作安排，组织人员实施及项目运作；负责项目的技术管理和咨询服务、项目造价及预算、标书编制及投标事宜等工作。 　 服务中心 负责为发展研究中心提供行政后勤服务，开展部分行政管理业务，面向社会开展多种经营。